消化器系は胃や腸などの消化管と、肝臓や膵臓などの消化を補助する器官からなります。消化管は口から肛門に続く一本の官です。
　そして腸内細菌は人間が摂取した食物、さらには腸管の分泌液や腸壁を覆う粘液などを栄養源として生育し、大量の物質を産生しています。
　腸内細菌は、自然環境の中では競争力の弱い細菌ですが、人間の胃腸官内では、胃酸や胆汁などに耐性を持つなどして、胃腸管内の環境に良く適応して旺盛に繁殖しています。腸内細菌は、自然環境中の菌とは異なる性質をもつ菌なのです。